Les enjeux économiques liés à l’espèce caprine en Europe paraissent mineurs par rapport à ceux des filières ovines et bovines et pourraient limiter l’intérêt de recherches spécifiques en pathologie caprine. C’est pourquoi, en se fondant sur des exemples de pathologies dues aux principales classes d’agents pathogènes (prions, virus, bactéries, parasites protozoaires et helminthes) affectant les caprins et leur filière de production, cet article présente les principales recherches menées en France, les données actuelles disponibles sur la compréhension des mécanismes pathogéniques et des processus physiopathologiques, ainsi que sur le développement de gestions innovantes de ces pathologies. Il a aussi pour objectif d’illustrer l’intérêt d’études spécifiques sur les chèvres non seulement en termes de pathologie comparée chez les petits ruminants, mais aussi pour prendre en considération les contraintes d’une filière économique dynamique.